Phát triển mô hình thay thế axit amin cho dữ liệu hệ gen

Tóm tắt

Luận án nghiên cứu tối ưu mô hình tiến hóa sử dụng trong bài toán
 xây dựng cây phân loài bằng phương pháp cực đại khả năng (ML).
 Cây phân loài là một đồ thị dạng cây thể hiện mối quan hệ giữa các
 loài được nghiên cứu. Xây dựng cây phân loài là bài toán trung tâm
 của tin sinh học. Hiện nay, các bộ dữ liệu trình tự có kích thước lớn
 ngày càng trở nên phổ biến, đây là kết quả của sự phát triển công nghệ
 sinh học hiện đại. Việc sử dụng các mô hình chung cho toàn thể sinh
 vật hoặc chỉ sử dụng một mô hình cho tất cả các vị trí trên trình tự có
 thể không xây dựng được cây tiến hóa tốt. Từ đó nảy sinh nhu cần về
 mô hình thay thế mới để biểu diễn quá trình tiến hóa cho một nhóm
 sinh vật cụ thể và mô hình biểu diễn sự không đồng nhất trong quá
 trình tiến hóa tại các vị trí khác nhau trên trình tự. Luận án đề xuất mô hình thay thế axit amin cho vi rút trong chi
 Flavivirus và thực hiện phân tích, đánh giá tính hiệu quả của mô
 hình khi xây dựng cây phân loài so với các mô hình sẵn có. Đề xuất một số thuật toán để phân hoạch tập vị trí cho một bộ dữ
 liệu cho trước. Mỗi tập con của phân hoạch thể hiện một nhóm vị
 trí có quá trình tiến hóa tương đồng trên hệ gen, các tập con khác
 nhau có thể được gán một mô hình tiến hóa khác nhau do vậy quá
 trình tiến hóa được biểu diễn gần với thực tế hơn. Đề xuất một thuật toán ước lượng nhanh tốc độ biến đổi tương đối
 giữa các vị trí trong sắp hàng.